Οι μεγάλες απεργιακές κινητοποιήσεις των εργατών του Ηρακλείου,. τον Μάιο και τον Ιούνιο του 1947, είχαν αιματηρή κατάληξη. Ο πρόεδρος του Εργατικού Κέντρου, Στρατής Περγαλίδης, και ο γραμματέας, Ανδρέας Σταυρουλάκης, έχουν συλληφθεί από τις 12 Ιουνίου, με την κατηγορία ότι εμποδίζουν τους απεργοσπάστες να εργαστούν. Είναι στην πραγματικότητα μια απόπειρα τρομοκρατίας των εργατών, αλλά που στοχεύει και στην εξόντωση των ηγετών τους. Όχι μόνο στην ψυχολογική, αλλά και στη φυσική. Ο Στρατής Περγαλίδης, στέλεχος του ΚΚΕ που προχωρούσε στην αναδιοργάνωση και μαζικοποίηση του εργατικού κινήματος αμέσως μετά την απελευθέρωση, είχε απειληθεί και είχε κινδυνεύσει και άλλες φορές.
Στις 13 Ιουνίου, ημέρα Παρασκευή, οι επιτροπές των εργατών οργανώνουν πορεία προς τη νομαρχία, σε ένδειξη συμπαράστασης στους κρατούμενους ηγέτες του ΕΚΗ. Με αίτημα την άμεση απελευθέρωσή τους. Συμμετέχουν εκατοντάδες συνδικαλιστές και εργαζόμενοι.
Οι συγκεντρωμένοι διασχίζουν τη σημερινή λεωφόρο Δικαιοσύνης, με κατεύθυνση το κτίριο της νομαρχίας, στην πλατεία Ελευθερίας. Η πορεία δέχεται τα πυρά της αστυνομίας, λίγο πριν φτάσει στη νομαρχία. Αμέσως πέφτει νεκρός ο πρόεδρος του σωματείου τσαγκαράδων, που είχε οργανώσει μεγάλη απεργία τις προηγούμενες ημέρες, Χρήστος Χατζηγεωργίου. Αφήνει την τελευταία του πνοή στο ύψος του μετέπειτα ξενοδοχείου “Πέτρα”, όπου υπάρχει η αναμνηστική πλακέτα για τη δολοφονία του ίδιου και του αδελφού του, Κώστα. Ο τελευταίος πυροβολείται σχεδόν την ίδια στιγμή, μερικές δεκάδες μέτρα πιο μακριά, έξω από το μουσείο. Πέφτει κι αυτός νεκρός. Η επίθεση γενικεύεται και τραυματίζονται άλλοι 7 εργάτες, ενώ συλλαμβάνονται πολλοί άλλοι.
Ο Περγαλίδης, που βρίσκεται πάντα στα μπουντρούμια της ασφάλειας, που τότε ήταν στην οδό Ρούσου Χούρδου, σο στενό του ταχυδρομείου, μαζί με τον Σταυρουλάκη, βασανίζεται επί 2 μερόνυχτα και τα ξημερώματα της 14ης Ιουνίου 1947, αφήνει την τελευταία του πνοή. Κανείς δεν τον βλέπει στο μεταξύ, πέρα από τον γνωστό αντιστασιακό, Παύλο Ζωγραφιστό, που μετά την κατοχή ήταν με το αντίπαλο στους κομμουνιστές στρατόπεδο. Στο βιβλίο του “Ιστορία μιας αδούλωτης Οικογένειας”, που κυκλοφόρησε στο Ηράκλειο το 1989, περιγράφει τη στιγμή που τον είδε, ενώ ψυχορραγούσε από τα βασανιστήρια.
“…περνώντας τυχαίως έξω από τα κρατητήρια στην πλατεία Δασκαλογιάννη ώρα 10-10.30 το βράδυ, άκουσα μέσα στα κρατητήρια μεγάλη φασαρία, ένδειξη ότι κακοποιούσαν ανθρώπους. Επήγα στην πόρτα και χτύπησα. Οι δεσμοφύλακες ήταν γνωστοί μου, μου άνοιξαν την πόρτα και μπήκα στο γραφείο τους. Εκεί με πληροφόρησαν ότι είχαν συλλάβει τρεις αρχικομμουνιστές το πρωί στα επεισόδια της Νομαρχίας και είχαν σκοτωθεί και 2-3 άνθρωποι. Αυτοί μου είπαν ότι είναι υπό αυστηράν απομόνωση και εγώ τους ρώτησα ποιοί είναι. Μου είπαν ότι είναι ο Περγαλίδης ο πρόεδρος του Κ.Κ., ο Καρόγλου ο Βασίλης και ο Βαλούρδος ο Γιώργης. Εγώ, ο οποίος είχα υπηρετήσει κληρωτός το 1930 με το Βασίλη που ήταν φίλος μου, έπρεπε να τους σώσω. Είπα στο δεσμοφύλακα ν’ ανοίξει την πόρτα και να βγάλει το Βασίλη έξω να τον δω. Αυτός στην αρχή φοβήθηκε αλλά κατόπιν έντονης παρατηρήσεώς μου συνεμορφώθη και άνοιξε την πόρτα του κρατητηρίου. Φώναζε να βγει ο Βασίλης αλλά αυτός φοβόταν και πήγα εγώ και έβγαλα και τους δυο έξω. Και είδα τον Περγαλίδη και ψυχοραγούσε σε μια γωνιά. Μετά είπα στον αστυνομικό και τους επήρα υπ’ ευθύνη μου και ότι είναι δικοί μου. Μόλις τους έβγαλα έξω τους είπα να φύγουν και να πάνε να κρυφτούν για να μην τους σκοτώσουν και να μην παρουσιαστούν αν δεν τους πω εγώ.
Το πρωί πήγα στη διοίκηση πριν πάει ο διοικητής της Χωροφυλακής που ήταν φίλος μου και όταν ήρθε του είπα τι είναι αυτά τα πράγματα…, ο δε Περγαλίδης ήταν νεκρός το πρωί”.
Όσο ο Περγαλίδης είναι στο μπουντρούμι και βασανίζεται, η 10χρονη κόρη του Ερριέτα επιχειρεί να τον δει για να του δώσει φαγητό. Παιδί ήταν, ίσως να την άφηναν να δει τον πατέρα της. Την Πέμπτη, πρώτη μέρα της σύλληψης, αστυνομικοί με πολιτικά τής παίρνουν το φαγητό από τα χέρια, υβρίζουν και την ειρωνεύονται, όπως θα πει αργότερα.
Το ξημέρωμα του Σαββάτου 14 Ιουνίου 1947, ο Στρατής Περγαλίδης αφήνει την τελευταία του πνοή. Η οικογένειά του δεν το γνωρίζει. Η 10χρονη κόρη πάει και πάλι φαγητό για τον πατέρα της. Οι δεσμοφύλακες, που βεβαίως γνωρίζουν, απαντούν προκλητικά, να ξαναγυρίσει μετά από καμιά ώρα και να φέρει κι ένα αρνί να φάει ο πατέρας της…
Ώρες αργότερα, η σύζυγος και τα παιδιά του θα μάθουν ότι είναι νεκρός…
Στην ουσία η ασφάλεια δεν επιτρέπει ούτε κηδεία να γίνει. Απαγορεύει να παραστεί η ίδια η οικογένειά του, πλην των γονιών του Στρ. Περγαλίδη, της συζύγου του και της αδελφής της με τον άνδρα της.
Ο Περγαλίδης και οι αδελφοί Χατζηγεωργίου έμειναν ως σύμβολα στη συνείδηση των εργαζομένων όχι μόνο του Ηρακλείου, αλλά ολόκληρης της χώρας. Ο άλλος συλληφθείς, μαζί με τον Περγαλίδη, ο γραμματέας του ΕΚΗ, Ανδρέας Σταυρουλάκης, πέρασε στην “άλλη πλευρά” και υπήρξε πρόεδρος του ΕΚΗ για 28 χρόνια, από την εξόντωση του Περγαλίδη, μέχρι και το τέλος της χούντας…
Για την ιστορία, ο Στρατής Περγαλίδης ήταν φίλος ήταν κουμπάρος με τον Ναπολέοντα Σουκατζίδη, που εκτελέστηκε με τους 200 αγωνιστές από τους Γερμανούς στο Σκοπευτήριο της Καισιαριανής την Πρωτομαγιά του 1944. Μάλιστα έδωσε το όνομά του στον μικρό του γιο, τον Ναπολέοντα Περγαλίδη, που είχε γεννηθεί τον 1946, πριν ο ίδιος δολοφονηθεί στην ασφάλεια.